Γενική Συνέλευση
Η Γενική Συνέλευση συνέρχεται τακτικά σε ετήσια βάση, αλλά και εκτάκτως μετά από πρόσκληση των μελών του ΑΕΦΕΚ.
H Γενική Συνέλευση συνέρχεται επί των θεμάτων της Ημερήσιας Διάταξης, η οποία καθορίζεται από τα μέλη του ΑΕΦΕΚ και σε κάθε περίπτωση αποτυπώνει και εκφράζει τις προτεραιότητες, τις ανάγκες και τις ανησυχίες των μελών του.
Η ημερήσια διάταξη κάθε επικείμενης Γενικής Συνέλευσης κοινοποιείται στα μέλη τουλάχιστον 9 ημέρες πριν από την ημέρα σύγκλισης της Γενικής Συνέλευσης, κατά τον τρόπο που ορίζεται στο Καταστατικό.
Διοικητικό Συμβούλιο
Το Διοικητικό Συμβούλιο υποχρεούται να συνεδριάζει τακτικά μία φορά μηνιαίως.
Έκτακτη σύγκλιση του Διοικητικού Συμβουλίου γίνεται μετά από πρόσκληση του Προέδρου ή τουλάχιστον τριών εκ των μελών του και σε κάθε περίπτωση μετά από γραπτή αίτηση εκ μέρους του ενδιαφερομένου, η οποία θα αναφέρει το/τα θέμα/-τα της ημερησίας διάταξης.
Ομάδες Δράσης
Οι Ομάδες Δράσης συνέρχονται σε συνεδρίαση μετά από πρόσκληση του Συντονιστή τους. Η ημερομηνία κάθε επερχόμενης συνάντησης ανακοινώνεται τουλάχιστον 15 ημέρες πριν τη διεξαγωγή της. Οι συναντήσεις των Ομάδων Δράσης είναι ανοικτές στο κοινό και δικαίωμα λόγου έχουν όλοι οι παριστάμενοι.
Λοιπές Εκδηλώσεις
Ο ΑΕΦΕΚ στα πλαίσια της λειτουργίας του υλοποιεί δράσεις για την επιχειρηματική αφύπνιση, την τόνωση του ανταγωνισμού και τη μεγέθυνση της αγοράς. Δράσεις για την εκπαίδευση και τη δια βίου μάθηση των επιχειρηματιών, την ενημέρωσή τους γύρω από σύγχρονες αποτελεσματικές μεθόδους επιχειρηματικότητας, την εμβάθυνση του θεσμικού πλαισίου της λειτουργίας των επιχειρήσεων, την πιστοποίηση τους και την τουριστική προβολή του νησιού.
Επίσης, οργανώνει και αναλαμβάνει δράσεις κοινωνικής ευθύνης απέναντι στους κατοίκους της Κύθνου. Ενδεικτικά συνεισφέρει με κάθε μέσο στη δημιουργία τράπεζας αίματος, την παροχή υποτροφιών κλπ.. Υποβοηθά δε την κοινωνία των πολιτών με την υποστήριξη κοινωνικών και πολιτιστικών οργανώσεων, τη συνεργασία με τοπικές συλλογικότητες, τη συνδρομή σε κάθε κοινωνική συλλογικότητα που δεν αντίκειται στις αρχές του. Σε αυτή την κατεύθυνση διοργανώνει ημερίδες, ομιλίες, ψυχαγωγικές εκδηλώσεις (συνεστιάσεις, χοροεσπερίδες, παραστάσεις, προβολές, εκθέσεις, εκδρομές).