Ο Σύλλογος διοικείται από πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο αποτελείται από τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο, το Γενικό Γραμματέα, τον Ταμία και ένα μέλος που σε αρωγή του Γ.Γ. ασκεί αρμοδιότητες Οργανωτικού Γραμματέα. Τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου σε περίπτωση κωλύματος αναπληρώνονται από δύο αναπληρωματικά μέλη.

Τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου, είναι πρόσωπα με διαχρονική παρουσία στο νησί, των οποίων η επιχειρηματική δράση συνάδει με τις αξίες και τις αρχές του Συλλόγου. Τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου αποτελούν τους Στυλοβάτες του ΑΕΦΕΚ, στο βαθμό που δρουν και λειτουργούν εξ ονόματός του για την εξυπηρέτηση των κοινά αποδεκτών στόχων.