Ο Α.Ε.Φ.Ε.Κ. είναι ανεξάρτητος από οποιονδήποτε κομματικό, κυβερνητικό, κρατικό ή άλλο φορέα.
Στους κόλπους του Α.Ε.Φ.Ε.Κ. όλα τα μέλη είναι ισότιμα, τόσο αναφορικά με τη δυνατότητα έκφρασης της γνώμης τους, όσο και κατά τη διαδικασία λήψης αποφάσεων.
Η έγκαιρη ενημέρωση των μελών και η ελεύθερη πρόσβαση όλων στην πληροφορία, διασφαλίζουν την ισηγορία και την ουσιαστική συμμετοχή όλων στη λήψη των αποφάσεων.
Όταν ακούτε πολιτικές συζητήσεις, συνήθως γίνεται αναφορά σε πρόσωπα: για παράδειγμα, στον πρωθυπουργό της χώρας, στον υπουργό, τον περιφερειάρχη, το δήμαρχο, το δικαστή, τον αξιωματούχο. Αυτό συμβαίνει διότι τα πρόσωπα είναι εκείνα που λαμβάνουν αποφάσεις και διαμορφώνουν πολιτικές.
Το ίδιο ισχύει και στον ΑΕΦΕΚ.
Μόνο που εδώ, τα πρόσωπα είμαστε όλοι εμείς που απαρτίζουμε τα συλλογικά όργανα. Που όλοι μαζί, ο καθένας από το δικό του μετερίζι, συζητάμε και συνεργαζόμαστε για την επίτευξη συγκεκριμένων αποτελεσμάτων.
Εμείς που μέσα στο πλαίσιο των συλλογικών μας θεσμικών οργάνων, τη Γενική Συνέλευση και το Διοικητικό Συμβούλιο, συναποφασίζουμε για το κοινό μας μέλλον.
Η Γενική Συνέλευση (Γ.Σ.), είναι το ανώτατο όργανο του Συλλόγου και αποτελείται από όλα τα μέλη του. Αποφασίζει δε, για κάθε θέμα που δεν υπάγεται στην αρμοδιότητα άλλου οργάνου. Συνέρχεται τακτικά μια φορά το χρόνο και έκτακτα μετά από πρόσκληση του Διοικητικού Συμβουλίου ή κατ’ απαίτηση μερίδας μελών. Η πρόσκληση για τη Γ.Σ. είναι δημόσια ώστε να εξασφαλιστεί η έγκαιρη ενημέρωση όλων και η ευρεία συμμετοχή. Τα μέλη συμμετέχουν στη Γενική Συνέλευση αυτοπροσώπως ή και από απόσταση και δικαίωμα ψήφου έχουν όλα τα οικονομικά τακτοποιημένα ιδρυτικά και τακτικά μέλη και τα επίτιμα και τα αρωγά, υπό τις προϋποθέσεις του Καταστατικού μας.
Όλες οι αποφάσεις της Γ.Σ. λαμβάνονται με απόλυτη πλειοψηφία των παρόντων μετά από φανερή ψηφοφορία εκτός από εξαιρετικές περιπτώσεις κατά τις οποίες διεξάγεται μυστική ψηφοφορία.
Το Διοικητικό Συμβούλιο αποτελεί το όργανο διοίκησης του Συλλόγου και η θητεία του είναι πενταετής. Το Διοικητικό Συμβούλιο είναι πενταμελές και αποτελείται από τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο, το Γενικό Γραμματέα (Γ.Γ.), τον Ταμία και ένα μέλος που σε αρωγή του Γ.Γ. ασκεί αρμοδιότητες Οργανωτικού Γραμματέα. Επιπλέον εκλέγονται και δύο αναπληρωματικά μέλη. Αποφασίζει για κάθε υπόθεση που αφορά στη διοίκηση του Συλλόγου και στη διαχείριση της περιουσίας του, εκτός από τις υποθέσεις εκείνες που, κατά νόμο ή κατά το καταστατικό υπάγονται στην αρμοδιότητα της Γ.Σ.. Οι αποφάσεις λαμβάνονται με σχετική πλειοψηφία (εκτός και αν ορίζεται διαφορετικά στο Καταστατικό) και μόνο σε περίπτωση ισοψηφίας υπερισχύει η ψήφος του Προέδρου.